انیمیشن "جادوگر کوچولو" در مورد یک دختر جوان به نام "الا" است که همراه با دوستان خود برای یافتن یک سنگ جادویی، عازم سفر می‌شود تا به یک شاهزاده جوان که به یک موش تبدیل شده است، کمک کرده و ...

داستان این فیلم درباره‌ی عشاقانه‌ای تلخ از فردی کاریزماتیک اما بدشانس به نام جسی است که در متل ارزان قیمتی زندگی می کند و تصمیمات بدی می گیرد.